农资连锁经营组织形式的发展深刻地反映了中国经济的变革，它从计划经济时期以供销社系统专营一统天下的局面，向市场经济过渡，转成以个体经营为主的分散经营的格局。这种行业的剧变导致绝大部分企业或经销商在经营中出现了很多致命的问题和隐患，导致经营的失败。
　　
　　一是相当的农资企业或经销商根本不知连锁经营为何物，有的甚至认为设计个形象，挂个门头就已是连而锁经营。链不锁，“挂羊头，卖狗肉”现象在行业中十分盛行，认识肤浅，缺乏长期持续经营的理念。
　　
　　二是缺乏明确的战略规划：是进入批发环节，还是进入零售领域;只搞加盟，还是走直营连锁之路;连锁经营的赢利模式是什么，是为了销售本公司产品，还是打造商业平台;是全国性开展还是区域性进行，是仅限于本行业，还是相关农资产品都组合，将来是否上市等缺乏规划。已开展农资连锁经营的相当是摸着石头过河，走到那里算那里，钱花光了就关门。
　　
　　三是管理模式、管理手段与工具十分缺乏。连锁经营实行涉计人、财、物，店铺区域分散，销售战线长，在人、财、物、信息管理等方面对企业都提出了很高的要求，必须有全新的管理模式和现代化的管理工具与手段。严格意义讲，连锁经营的成功是管理工具的成功。
　　
　　四是农资连锁经营企业人才严重缺乏。连锁经营的专业化十分强，需要既有高度责任心又懂经营、懂专业、懂营销及懂管理的店长等人才。
　　
　　五是连锁内部管理的精细化不足，农资连锁经营要将农资销售与农业技术推广服务紧密地结合起来，通过有效的技术服务带动农资销售。农资连锁店的人员培训、激励与绩效管理，产品、库存、资金、客户、信息等管理对连锁企业又是一巨大门槛与挑战。