微量元素包括钼、硼、锌、铁、铜等，作物对微量元素的需求量非常少，但微量元素对作物的生长及产量和品质都发挥重要作用，因此应重视微肥的施用，不过，与大量元素相比，微量元素施用具有其特殊性。
一、施肥应更谨慎第一，微量元素在供应丰缺上的差异度较小，供给不足会影响生长发育，但施用过量又很容易引发作物中毒。
第二，不同作物之间对微量元素的需求存在差异，同一作物不同品种之间的需求特点也存在差异，在生产上要根据作物类型和品种做出有针对性评价，在微肥施用上要做到具体作物具体分析。
第三，微量元素施用过量，会引发作物中毒，污染环境并对人体健康造成威胁，因此微肥施用要严格控制施肥量。
二、微肥施用的基本原则第一，要考虑不同作物对微量元素的不同需求。生产上可采用形态诊断法或化学诊断与形态诊断相结合法相结合来判断，前者是通过判断作物器官有无缺素症来评价；后者是通过化学测定与形态表现来综合评价。
第二，要评价土壤的有效供应能力。每种微量元素都有对应的丰缺指标，根据相应指标可判断是否需要增施微肥，从而使土壤微量元素含量处于适宜范围内。
第三，科学选用微肥。在无机态肥料中，易溶的无机态微肥肥效释放较快、可做叶面肥、拌种或土施，但直接施入土壤容易被土壤固定而变为无效态；微溶的无机态微肥属缓效态肥料，适合作基肥，这类肥料在生产上要注重通过创造适宜土壤酸碱度、增加有机质含量等措施来提高有效性。
微肥的另一种重要形态是螯合态微肥，这类微肥的优点包括：水溶性好，可叶面喷施也可以土施；在土壤中比较稳定，不易被固定或被微生物分解；对作物无毒害，对环境较为友好；施肥时可以和许多农药混施用；用量小但肥效显著、持效性强。
第四，施肥技术。土壤施用固体微肥时，有效性低，并且由于微量元素施用量较小，在施肥时往往难以做到均匀，这样就容易造成同一地块同时出现微肥过量造成毒害和微量元素供给不足出现缺素症的现象，因此在土施微肥的时候要选好介质，并充分拌匀和撒施均匀。
另外，微肥有后效性，硼肥、锌肥等肥效可持续三年，钼肥后效可持续五年，对土施有效性较差的锰肥而言，应以叶面喷施为主。
在植物体上施用微肥时要掌握好用量（不同微肥略有差异）：叶面喷施浓度为0.01-0.1%、拌种用量为2-6g/kg、浸种浓度为0.01-0.1%（时间为12-24小时）、沾根浓度为0.1-0.2%。
