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为了提高农产品的品质和产量，大多数基地和种植户都会使用大量的有机肥做底肥，有机肥更重要的作用还能改良土壤，解决养殖业的面源污染，秸秆焚烧等环保问题，所以政府也是提倡和鼓励施用有机肥。
在化学农业之前，农业也是一直使用有机肥的，但那时候农业没有现在这么发达，有机肥来源很少，现在有机肥肥源充足，由有机肥发酵不充分和使用不当带来的问题也不比过量使用化肥的问题少。有机肥最充足的原料是猪粪和鸡粪，鸡粪在处理上比猪粪要简单一些，现在有机肥厂或者农户都喜欢使用鸡粪做有机肥，不管是猪粪还是鸡粪或者羊粪等动物的排泄物，包括各种植物秸秆，都含有大量的虫卵和各种病源菌，在有机肥的生产过程中，有机肥发酵温度升高到65度到70度，是可以杀死其中的虫卵和病原菌以及草种的，但由于有机肥的发酵需要一定的时间，对于有机肥生产厂家需要追求产量，在需求旺季的时候，产品供不应求，厂家就会缩短发酵时间，这样做就会使得有机肥发酵不充分，其中的虫卵，病原菌和草种就会带入土壤中，而且没有充分分解的纤维，蛋白质等大分子在土壤中会继续分解，释放热量，对农作物造成危害，烧苗，烧根。 
这是100吨产量的生产槽，一般是小厂或者大基地自产自用。 红色的机器是起自动翻堆作用， 有机肥发酵需要调整有机原料的湿度，，对于猪粪，鸡粪等水份大的原料要加入一些干稻谷壳，或者锯末等把水份调整到60%，，加入发酵菌种充分搅拌后盖上塑料布保湿发酵，如果是在夏天，两三天时间堆内温度就会很快升搞到60多度，冬天时间会长一些。当温度升高到70度时就要翻堆，发酵过程中，温度升高，水分会蒸发，湿度小会影响进一步发酵，所以翻堆的同时需要加水降温，保证湿度维持在60%，翻堆后继续盖膜发酵，每天都需要测量温度，达到70度就要加水翻堆，直到温度降到60度不再升温。整个发酵过程在夏天也需要10-15天时间，冬天需要一个月左右。充分发酵好的有机肥是没有臭味的，这样的有机肥才是合格的，生物有机肥是在有机肥充分发酵好之后，再加入一些生物菌（枯草芽孢杆菌，解磷，解钾菌等菌种）充分搅拌后包装而成。如果基地自己有小型有机肥生产线，就可以在有机肥发酵好之后的最后一个环节加入生物菌即成。 有机肥在使用时一般用作底肥，最好是先施入土壤之后再旋耕，（以前以为先施肥再旋耕是众所周知的常识，后来居然看到有些基地把地整好之后，移栽之前的最后一步才施有机肥，强调一下，施肥，不管是有机肥还是化肥，施入土壤中，用土壤覆盖才是正确的施肥方式）
一般农户自家购买有机肥原料发酵的，因为没有翻堆的设备，都是堆放在一起厌氧发酵，这种方式至少要堆放半年以上才比较安全。 有机肥自产自用比较经济，如果自己不能生产，需要在市场上购买。有机肥该怎么选购？首先，闻气味，不能有臭味，太臭说明发酵不充分，其次，看干湿度，按国家标准水份含量不能超过30%（有的基地从厂家拉的有机肥，水分含量能达到70%，因为有机肥用量大，老板都希望把价格压得更低，有机肥是按重量计算的，厂家就在发货时故意给肥料加水，这种情况一般是散装肥料或者政府采购的肥料都有人为参水现象）。另外从使用效果上来看，粉剂的有机肥比颗粒的容易发挥作用，而且经济实惠，但粉剂的肥料在使用过程中容易产生灰尘，不如颗粒的使用方便，颗粒的有机肥使用时比较方便，多了一道加工手续，价格要贵一些，用户可以根据自己的实际情况选择适合自己的肥料。
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