1、试验示范先行
微生物肥料，特别是农用微生物菌剂，主要是通过微生物活化土壤养分、提高速效养分含量从而发挥肥效。如果土壤本身速效养分含量足以满足作物的需求，或土壤养分过于贫瘠，可活化利用的养分很低，微生物肥料的肥效，就会变得不明显。也就是说，微生物肥料的肥效具有与土壤条件伴生的特性，与土壤养分及其营养环境紧密相关。在不同区域、不同土壤上，微生物肥料的功效存在较大差异，为提高微生物肥料的功效，针对不同土壤条件，必须试验示范先行，深入研究它的使用效果和配套技术，才能科学引领其推广应用，避免出现各种问题。
2、离根越近越好
有效活菌在土盎中生活需要碳源和氮源，植物根系分泌的有机物是微生物生活良好的营养源。大量的有效活菌会在根系聚形成优势群落，同时微生物通过代谢活动活化养分、抑制病原菌侵入。这样，有效活菌与根系产生相互促生的作用，大大促进根系发育，增大植物根量，使植株变得健壮，大大增强了抗逆性，起到保苗、壮苗的作用。因此，微生物肥料的应用离植物根系越近越好。通常结合移栽蘸根或追肥灌根，施用效果较好。
3、施用越早越好
微生物肥料发挥肥效不像化肥提供速效养分那么直接，施入土壤的功能微生物主要是芽孢，需要萌发并发育成优势群落，才能很好地发挥肥效，因此需要一定的时间（一般至少需要两周左右的时间）。并且，促根生长是固氮菌剂和溶磷、解钾菌剂的突出特点，在苗期可有效促进根系下扎，防止植株早衰死苗，施用晚了很难奏效。因此，为充分发挥微生物肥料的功效，施用越早越好。通常结合整地与基肥配合施用效果较好。
4、明确施用禁忌
微生物肥料的施用存在一定禁忌：一是避免伴随施用防治细菌病害的杀菌剂，以免功能微生物被杀死；二是避免同时施用速效磷、钾肥，因为速效养分施入会掩盖微生物的肥效；三是禁止与强酸、强碱肥料混用，防止功能菌失活；四是置于阴凉干燥处保存，防晒，防止包装破裂后芽孢萌发，暴晒失水导致大量有效菌失活；五是注意保质期，不要施用过期的产品。在推广应用过程中，应注意研究发现微生物肥料的施用禁忌，并必须在产品说明书上表明，防止违反禁忌施用从而造成不良后果或损失。
5、优化配套措施
为充分发挥微生物肥料的功效，必须创造有利于其生长发育的优良条件。微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。例如，施用根瘤菌，发现出苗后结瘤效果差，可在幼苗附近浇泼兑水的根瘤菌肥，有利于促进根瘤菌与作物根系亲和，提高固氮效果。微生物肥料中大多是好气性微生物，如根瘤、自生固氮菌、磷细菌、抗生菌等。施用时必须合理耕作，保持土壤疏松、通气良好。菌剂在酸性土壤中直接施用效果较差，一般需要配套施用石灰、草木灰等，通过改善其土壤环境，来增强有效菌的活性。
