但是化肥也有明显的缺点，如若长期单独施用，或用量过多，易改变土壤的酸碱度，并破坏其结构。使土壤板结，土壤结构和理化性质变劣，土壤的水、肥、气、热不协调。而且施用不当，还会导致缺素症发生。
过量施用化肥，易导致肥害；或被土壤固定，或发生流失，造成浪费等等。对土壤的影响最为明显，而受破坏后的土壤自我修复能力缓慢。
不合理的影响
在物理方面。当使用化肥不合理的时候便会影响土壤的空隙数量。最直接的表现为积水下渗的速度。因此也就是通常所说的土壤板结。
在化学方面。化肥使用过度会影响土壤的酸碱度，从而形成盐渍化、板结等，最终导致土壤“坏死”。
由此会带来一系列的植物生长问题，会影响植物对氮磷钾及微量元素的吸收，也会影响土壤中营养元素的活性。随之带来的则是作物的生长受到限制，作物的抗逆能力下降。
提高与预防
秋施微生物肥可以提高土壤的孔隙，让土壤疏松。有利于果园保墒蓄水，有利于各种功能性微生物的植入存活。预防冬春干旱，还可以提高地温，防止果树根部冻害。
生长高峰期
秋季是根系一年中最后一次生长高峰期，其生命活动旺盛，吸收养分能力强。且有利于延缓叶片衰老，增强秋叶光合能力，增加树体养分贮备。而且秋季土温较高，墒情较好，有利于土壤微生物活动。施入的卡希诺微生物菌肥腐熟快，易被根系吸收利用。
秋季是植物根系生长的旺盛期，此时施肥，受伤的细小树根能很快愈合。还能快速促发新根，从而增加吸收根数量。扩大营养元素的吸收面积，大大提高肥料的利用率。施用微生物菌剂有利于协调营养生长和生殖生长，即肥料中的速效养分被吸收后，能大大增强秋叶的功能。
养分积累增多，使花芽充实饱满，来年春季萌芽早。开花整齐，春梢长势强，生长量大，利于维持优质丰产的健壮树势；而迟效养分在土壤中经过长时间的腐熟分解，春季易被吸收利用。
施用卡希诺微生物菌肥不仅能加强春梢后期发育，而且可以提高中短枝的质量，及时停长，为花芽分化创造了条件。
改善生物现状
微生物在土壤物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。
当前土壤中出现的板结、酸化、盐渍化、土壤贫瘠、地力衰竭等问题。主要是化肥在土壤中长期积累、残存、得不到有效分解和转化而产生的。
所以解决当前土壤生态质量和作物产量的当务之急是增加土壤中的有益微生物。
受外界制约
微生物菌剂作为一个活的东西，受外界制约较大。即使是同一种微生物菌剂，土壤质地、环境条件不一样，应用效果可能有很大差别。目前国内微生物菌剂市场参差不齐，大家在选择时，不管大厂家还是小厂家，不管含菌量高低，都要提前做好试验示范。
土壤改良是一个长期性的问题，而作物施肥则是以微生物菌剂为主，化肥为辅，化肥与微生物菌剂相结合，土壤施肥与叶面喷肥相结合，相互取长补短。使用时要掌握用量，撒施均匀。减少单施化肥给土壤带来的不良影响。
