化学变化各种农药都有一定的化学性质，在农药复配混用时，如果化学性质不同的农药复配混用时，有的会发生化学变化。根据其对生物的作用，化学变化可分成有益和有害两种，提高药剂的防治效果，降低对温血动物的毒性，减轻药害或增加一些其它有益特性的化学变化就是有益的。但是这种情况是少数的，多数是降低药效，增加毒性和药害。在农药混用时应尽量避免不良的化学反应，不同的农药有不同的化学性能，因而了解各类农药可能发生的化学变化，对考虑农药的复配混用是很必要的。
有机磷农药大多数具有酸性，在碱性条件下不稳定，容易分解生成无生物活性的物质，失去防治效果。如对硫磷、甲基对硫磷、杀螟松、马拉硫磷、乐果等杀虫剂及稻瘟净、异稻瘟净等杀菌剂，都不能和碱性农药复配混用。
与此相反，八甲磷在碱性介质中稳定，在酸性介质中反而容易分解。氨基甲酸酯类农药和有机磷农药一样，遇碱容易分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
在有机硫类杀菌剂中，二硫代氨基甲酸衍生物如代森锌、福美锌、福美双等，虽然有一定的稳定性，但在强碱性条件下亦分解失效，不宜和碱性农药复配混用。
含三氯甲硫基本的杀菌剂克菌丹和灭菌丹，虽然强碱性也能使其发生复杂的化学变化，但通常是比较稳定的。因此它们的复配混用范围比较广，尤其含克菌丹的混剂数量较大。
内吸性杀菌剂如多菌灵、硫菌灵、三环唑等，都有一定的稳定性，适合与许多保护性杀菌剂混用。苯氧乙酸类除草剂如2，4—D等化学性质一般比较稳定，与含金属元素的药剂混用能生成盐，但是一般不会使药效显著降低，在除草剂中含有金属元素的药剂很少，因而其复配混用范围也比较广。
植物性农药性质比较复杂，一般与有机合成的药剂复配混用时不起多大的化学作用，对药剂的效果影响不大。在各类农药复配混用中，最容易发生化学反应，降低药效，出现药害的是无机农药。在无机农药中，碱性农药和含金属元素的农药最多，它们在复配混用中最容易使其它农药分解失效，或产生药害。因而，两种或几种农药是否适于复配混用，必须通过试验加以证实。物理变化农药复配首先应注意到物理性能是否发生变化。农药复配混用后的物理变化无非有三种情况。
（1）农药复配混用后，物理性能基本不发生变化，保持原来制剂所具有的物理性能。因而不会影响防治效果，也不致发生药害，这样的制剂是可以考虑复配混用的。
（2）农药复配后改善了制剂的物理性能，提高了药剂的防治效果。如敌稗和杀草丹混配的乳油不容易出现结晶，乳化性能好，从而提高了药效。
（3）农药复配后出现了不良的物理变化，如乳油的破乳；各种制剂的分散性不良；可湿性粉剂悬浮性降低；絮结或沉淀等，使药剂失去原来良好的物理性能，降低防效，甚至可能会出现药害。加合与增效两种或几种农药混配在一起，对于生物（包括防治对象，被保护对象、人畜等）的作用有可能增强。
（1）加合作用复配混用农药对同一种生物的毒力与组成该混剂的各种药剂单用的毒力之和相等时的联合作用就属于加合作用，也就是相加作用。如西维因和灭杀威1Η1复配混剂，对抗性黑尾叶蝉就是一个典型的例子。一般来说，化学结构相似，作用机制相同的农药复配在一起，多数表现出加合作用。由于速效性、残留活性、杀卵活性、生物活性谱以及价格等方面的差异，某些药剂复配在一起后，毒力测定结果虽然表现加合作用，但能在这些性能上取长补短，是有实用价值的。如西维因—速灭粉剂，杀螨酯—杀螨醇可湿性粉剂等。
（2）增效或增毒作用混合药剂对同一种生物的毒力比组成该混剂各药剂单剂的毒力之和大时，其联合作用就属增效作用，这种增效作用随配比的改变而变化。例如苯硫磷、稻瘟净等对分解马拉硫磷的羧酸酯有很高的抑制作用，使之对生物的毒性得以加强。又如除草剂敌稗或灭草灵与有机磷或氨基甲酸酯类杀虫剂复配混用时加重水稻的药害程度；地亚农与灭螨猛和乳油类药剂混用对苹果树产生药害；敌菌丹和乳油类药剂混用对柑桔树产生药害；多果定与乳油类药剂混用加重对梨树的药害。
一般来讲，单独施用易出现药害的药剂与乳油药剂混用，加重药害。拮抗作用复配混剂对同一种生物的毒力比组成混剂的各药剂单用毒力之和显著低时，称为拮抗作用。拮抗作用表现在防治效果降低，对保护对象表体药害减轻。如禾草灵与2，4—D、二硝基甲酚混用时降低禾草灵对野燕麦的防治效果；多氧霉素和灭瘟素混用，降低多氧霉素对水稻纹枯病的防治效果。拮抗作用在降低对被保护对象的药害方面也有很多例子，如硫酸锌和代森锰混用，可降低代森锰的药害。铜制剂和链霉素混用，减轻链霉素对白菜的药害。氟乐灵—嗪草酮混用降低了嗪草酮对大豆的药害。利用这些拮抗作用，可以扩大药剂的应用范围。
某一混剂对某一防治对象是最佳的，但对另一防治对象就不一定理想。如多菌灵和代森锌混用对葡萄灰霉病有增效作用，对瓜类白粉病只表现加合作用。
一种混剂对防治对象来说是增效的，对被保护对象不一定增加药害，正因如此，才有可能利用复配农药对不同生物的增效、加合或拮抗作用，筛选出高效而安全的理想药剂，并具有新的特点，而成为一种新的农药。农药的复配混用是复杂的，如果混用不合理，可能出现许多不良后果，造成损失，所以必须提倡合理混用，没有经过全面试验的复配方案不要随便加以推广。
