传统定义生物肥或称微生物肥料，是指一类含有微生物的特定制剂，应用于农业生产中，能够获得稳定的肥料效应。其中，所含微生物的生命活动增加了植物营养元素的供应，导致植物营养状况的改善，进而增加产量，改善品质，代表品种是菌肥；另一类是广义的微生物肥料，其制品虽然也是通过其中所含微生物活动作用，而使作物增产，同时微生物所产生的次生代谢产物含有植物生长内源激素，对营养元素的吸收利用，或能够抵抗某些病原微生物的致病作用，或减轻病虫危害而使作物增产，或减轻农药化肥危害而使作物恢复正常生长。但微生物肥料不能增加农业循环中养分的总量,因此,微生物肥料不能完全代替有机肥、化肥等肥料。

最新科学研究成果，随着使用化肥年限的延长，生物肥效果越来越差。

究其原因是在自然生态环境条件下，土壤中生活着约有近万种与生态系统相关的土壤微生物，这些生物与土壤生态环境构成一个共生共灭整体，互相密切相关，并在抑制某些群体特异繁殖过程中达到动态平衡，井然有序的生活着。是它们的活动使土壤具有消化功能（分解动植物残体如秸秆等）和孕育生命的功能，也称化育功能。

创新理论是植物营养免疫学，土壤微生物与植物营养同源，营养决定植物、土壤生态中的微生物活性和菌群平衡，微生物活性影响酶的活性和植物生理活性。

土壤微生物通过分解土壤有机质为植物和微生物提供营养，同时为植物根系提供自由伸展和微生物繁殖提供良好的生态环境，即维持土壤物理、化学和生物性平衡，并能抑制病原菌的繁殖与危害。

农业生产应以土壤为本，用生物技术将秸秆进行有氧发酵制作有机肥是改善土壤物理、化学及生物性的唯一有效措施，别无他法。

多年土壤不施有机肥，大量使用化肥，快速消耗分解有机质，导致有益微生物失去营养和繁殖环境，微生物菌群单一，即病原菌危害严重。

土壤不缺任何种类的微生物，而是缺乏有机质。当前只有用生物技术有氧发酵秸秆堆制有机肥还田，才能发挥有氧微生物菌群作用。

老一辈科学家在上个世纪六一七十年代研究推广放线菌五四0六失败的原因就在于此。又如大豆拌根瘤菌，到田间找不到所拌菌种,大豆使用种衣剂，化肥等都会抑制根瘤菌活性，根瘤菌活性还与品种有关，无论如何花力气从土壤中筛选多么强壮菌株，本地根瘤菌，也是生态问题，美国玉米茬种大豆不是化肥，就是充分利用大豆根瘤菌固氮作用获得高产。

（原帖链接：生物肥问题分析）